DocBookSupport: raw_data_importer_genepix-cy5_cy3.xml

File raw_data_importer_genepix-cy5_cy3.xml, 8.9 KB (added by jari, 3 years ago)
Line 
1<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
2<!DOCTYPE configfile SYSTEM "plugin-configuration-file.dtd">
3<!--
4  Copyright (C) 2007 Jari Hakkinen, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or modify it
10  under the terms of the GNU General Public License as published by
11  the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or
12  (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
15  ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY
16  or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU General Public
17  License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21-->
22<configfile>
23  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.RawDataFlatFileImporter">
24    <configname>GenePix raw data import (cy5/cy3)</configname>
25    <description>Configuration to import raw data from a genepix file(*.gpr).&#xD;
26The wavelengths should be 635nm for channel_1 and 532nm for channel_2.</description>
27    <parameter>
28      <name>yColumnMapping</name>
29      <label>Y</label>
30      <description />
31      <class>java.lang.String</class>
32      <value>\Y\</value>
33    </parameter>
34    <parameter>
35      <name>propertyMapping.ch2BgMean</name>
36      <label>Channel 2 background mean</label>
37      <description />
38      <class>java.lang.String</class>
39      <value>\B532 Mean\</value>
40    </parameter>
41    <parameter>
42      <name>propertyMapping.flags</name>
43      <label>Flags</label>
44      <description />
45      <class>java.lang.String</class>
46      <value>\Flags\</value>
47    </parameter>
48    <parameter>
49      <name>propertyMapping.mValue</name>
50      <label>M value</label>
51      <description />
52      <class>java.lang.String</class>
53      <value>\Log Ratio (635/532)\</value>
54    </parameter>
55    <parameter>
56      <name>trimQuotes</name>
57      <label>Remove quotes</label>
58      <description />
59      <class>java.lang.Boolean</class>
60      <value>true</value>
61    </parameter>
62    <parameter>
63      <name>propertyMapping.diameter</name>
64      <label>Spot diameter</label>
65      <description />
66      <class>java.lang.String</class>
67      <value>\Dia.\</value>
68    </parameter>
69    <parameter>
70      <name>propertyMapping.ch2PercSat</name>
71      <label>Percent saturated pixels</label>
72      <description />
73      <class>java.lang.String</class>
74      <value>\F532 % Sat.\</value>
75    </parameter>
76    <parameter>
77      <name>propertyMapping.ch1FgSd</name>
78      <label>Channel 1 foreground standard deviation</label>
79      <description />
80      <class>java.lang.String</class>
81      <value>\F635 SD\</value>
82    </parameter>
83    <parameter>
84      <name>propertyMapping.ch2PercSd1</name>
85      <label>Percent pixels within 1 standard deviation</label>
86      <description />
87      <class>java.lang.String</class>
88      <value>\% &gt; B532+1SD\</value>
89    </parameter>
90    <parameter>
91      <name>propertyMapping.fgPixels</name>
92      <label>Foreground pixels</label>
93      <description />
94      <class>java.lang.String</class>
95      <value>\F Pixels\</value>
96    </parameter>
97    <parameter>
98      <name>propertyMapping.ch2FgSd</name>
99      <label>Channel 2 foreground standard deviation</label>
100      <description />
101      <class>java.lang.String</class>
102      <value>\F532 SD\</value>
103    </parameter>
104    <parameter>
105      <name>propertyMapping.ch2BgSd</name>
106      <label>Channel 2 background standard deviation</label>
107      <description />
108      <class>java.lang.String</class>
109      <value>\B532 SD\</value>
110    </parameter>
111    <parameter>
112      <name>headerRegexp</name>
113      <label>Header</label>
114      <description />
115      <class>java.lang.String</class>
116      <value>"(.+)=(.*)"</value>
117    </parameter>
118    <parameter>
119      <name>reporterIdColumnMapping</name>
120      <label>Reporter ID</label>
121      <description />
122      <class>java.lang.String</class>
123      <value>\ID\</value>
124    </parameter>
125    <parameter>
126      <name>propertyMapping.ch1FgMedian</name>
127      <label>Channel 1 foreground median</label>
128      <description />
129      <class>java.lang.String</class>
130      <value>\F635 Median\</value>
131    </parameter>
132    <parameter>
133      <name>propertyMapping.ch1BgMean</name>
134      <label>Channel 1 background mean</label>
135      <description />
136      <class>java.lang.String</class>
137      <value>\B635 Mean\</value>
138    </parameter>
139    <parameter>
140      <name>propertyMapping.ch2BgMedian</name>
141      <label>Channel 2 background median</label>
142      <description />
143      <class>java.lang.String</class>
144      <value>\B532 Median\</value>
145    </parameter>
146    <parameter>
147      <name>rowColumnMapping</name>
148      <label>Row</label>
149      <description />
150      <class>java.lang.String</class>
151      <value>\Row\</value>
152    </parameter>
153    <parameter>
154      <name>propertyMapping.ch1BgMedian</name>
155      <label>Channel 1 background median</label>
156      <description />
157      <class>java.lang.String</class>
158      <value>\B635 Median\</value>
159    </parameter>
160    <parameter>
161      <name>propertyMapping.ch2FgMean</name>
162      <label>Channel 2 foreground mean</label>
163      <description />
164      <class>java.lang.String</class>
165      <value>\F532 Mean\</value>
166    </parameter>
167    <parameter>
168      <name>propertyMapping.rgnR2</name>
169      <label>Rgn R2</label>
170      <description />
171      <class>java.lang.String</class>
172      <value>\Rgn R² (635/532)\</value>
173    </parameter>
174    <parameter>
175      <name>dataHeaderRegexp</name>
176      <label>Data header</label>
177      <description />
178      <class>java.lang.String</class>
179      <value>"Block"\t"Column"\t"Row"\t"Name"\t"ID".*"Ratio of Medians \(635\/532\)".*</value>
180    </parameter>
181    <parameter>
182      <name>propertyMapping.ratiosSd</name>
183      <label>Standard deviation of ratios</label>
184      <description />
185      <class>java.lang.String</class>
186      <value>\Ratios SD (635/532)\</value>
187    </parameter>
188    <parameter>
189      <name>propertyMapping.ch2FgMedian</name>
190      <label>Channel 2 foreground median</label>
191      <description />
192      <class>java.lang.String</class>
193      <value>\F532 Median\</value>
194    </parameter>
195    <parameter>
196      <name>propertyMapping.ch1PercSat</name>
197      <label>Percent saturated pixels</label>
198      <description />
199      <class>java.lang.String</class>
200      <value>\F635 % Sat.\</value>
201    </parameter>
202    <parameter>
203      <name>dataSplitterRegexp</name>
204      <label>Data splitter</label>
205      <description />
206      <class>java.lang.String</class>
207      <value>\t</value>
208    </parameter>
209    <parameter>
210      <name>columnColumnMapping</name>
211      <label>Column</label>
212      <description />
213      <class>java.lang.String</class>
214      <value>\Column\</value>
215    </parameter>
216    <parameter>
217      <name>propertyMapping.bgPixels</name>
218      <label>Background pixels</label>
219      <description />
220      <class>java.lang.String</class>
221      <value>\B Pixels\</value>
222    </parameter>
223    <parameter>
224      <name>propertyMapping.ch1PercSd2</name>
225      <label>Percent pixels within 2 standard deviations</label>
226      <description />
227      <class>java.lang.String</class>
228      <value>\% &gt; B635+2SD\</value>
229    </parameter>
230    <parameter>
231      <name>propertyMapping.ch1FgMean</name>
232      <label>Channel 1 foreground mean</label>
233      <description />
234      <class>java.lang.String</class>
235      <value>\F635 Mean\</value>
236    </parameter>
237    <parameter>
238      <name>xColumnMapping</name>
239      <label>X</label>
240      <description />
241      <class>java.lang.String</class>
242      <value>\X\</value>
243    </parameter>
244    <parameter>
245      <name>propertyMapping.ch1BgSd</name>
246      <label>Channel 1 background standard deviation</label>
247      <description />
248      <class>java.lang.String</class>
249      <value>\B635 SD\</value>
250    </parameter>
251    <parameter>
252      <name>propertyMapping.rgnRatio</name>
253      <label>Rgn ratio</label>
254      <description />
255      <class>java.lang.String</class>
256      <value>\Rgn Ratio (635/532)\</value>
257    </parameter>
258    <parameter>
259      <name>propertyMapping.ch1PercSd1</name>
260      <label>Percent pixels within 1 standard deviation</label>
261      <description />
262      <class>java.lang.String</class>
263      <value>\% &gt; B635+1SD\</value>
264    </parameter>
265    <parameter>
266      <name>rawDataType</name>
267      <label>Raw data type</label>
268      <description />
269      <class>java.lang.String</class>
270      <value>genepix</value>
271    </parameter>
272    <parameter>
273      <name>propertyMapping.ch2PercSd2</name>
274      <label>Percent pixels within 2 standard deviations</label>
275      <description />
276      <class>java.lang.String</class>
277      <value>\% &gt; B532+2SD\</value>
278    </parameter>
279    <parameter>
280      <name>blockColumnMapping</name>
281      <label>Block</label>
282      <description />
283      <class>java.lang.String</class>
284      <value>\Block\</value>
285    </parameter>
286  </configuration>
287</configfile>