Ticket #441: agilent.import.xml

File agilent.import.xml, 20.2 KB (added by Nicklas Nordborg, 16 years ago)

Test of import configurations for Agilent raw data and reporters

Line 
1<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
2<!DOCTYPE configfile SYSTEM "plugin-configuration-file.dtd"><configfile>
3  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.RawDataFlatFileImporter">
4    <configname>Agilent raw data</configname>
5    <description />
6    <parameter>
7      <name>propertyMapping.rPValFeatEqBG</name>
8      <label>R p-value</label>
9      <class />
10      <value />
11    </parameter>
12    <parameter>
13      <name>propertyMapping.rSpatialDetrendIsInFilteredSet</name>
14      <label>R spatial trend</label>
15      <class />
16      <value />
17    </parameter>
18    <parameter>
19      <name>propertyMapping.gBGSubSignal</name>
20      <label>G net signal</label>
21      <class />
22      <value />
23    </parameter>
24    <parameter>
25      <name>propertyMapping.BGPixCorrelation</name>
26      <label>BG pix correlation</label>
27      <class />
28      <value />
29    </parameter>
30    <parameter>
31      <name>propertyMapping.rMedianSignal</name>
32      <label>R median signal</label>
33      <class>java.lang.String</class>
34      <value>\rMedianSignal\</value>
35    </parameter>
36    <parameter>
37      <name>propertyMapping.gIsPosAndSignif</name>
38      <label>G &gt; 0 and significant</label>
39      <class />
40      <value />
41    </parameter>
42    <parameter>
43      <name>propertyMapping.IsManualFlag</name>
44      <label>Manual flag</label>
45      <class />
46      <value />
47    </parameter>
48    <parameter>
49      <name>propertyMapping.gNumPixOLHi</name>
50      <label>G high outlier pixels</label>
51      <class>java.lang.String</class>
52      <value>\gNumPixOLHi\</value>
53    </parameter>
54    <parameter>
55      <name>propertyMapping.rIsPosAndSignif</name>
56      <label>R &gt; 0 and significant</label>
57      <class />
58      <value />
59    </parameter>
60    <parameter>
61      <name>propertyMapping.IsNormalization</name>
62      <label>Normalization</label>
63      <class />
64      <value />
65    </parameter>
66    <parameter>
67      <name>propertyMapping.ErrorModel</name>
68      <label>Error model</label>
69      <class />
70      <value />
71    </parameter>
72    <parameter>
73      <name>propertyMapping.gIsSaturated</name>
74      <label>G is saturated</label>
75      <class />
76      <value />
77    </parameter>
78    <parameter>
79      <name>propertyMapping.gPValFeatEqBG</name>
80      <label>G p-value</label>
81      <class />
82      <value />
83    </parameter>
84    <parameter>
85      <name>propertyMapping.rNumSatPix</name>
86      <label>R saturated pixels</label>
87      <class />
88      <value />
89    </parameter>
90    <parameter>
91      <name>propertyMapping.rIsSaturated</name>
92      <label>R is saturated</label>
93      <class />
94      <value />
95    </parameter>
96    <parameter>
97      <name>propertyMapping.gNumPixOLLo</name>
98      <label>G low outlier pixels</label>
99      <class>java.lang.String</class>
100      <value>\gNumPixOLLo\</value>
101    </parameter>
102    <parameter>
103      <name>propertyMapping.DyeNormCorrelation</name>
104      <label>Normalized correlation</label>
105      <class />
106      <value />
107    </parameter>
108    <parameter>
109      <name>reporterIdColumnMapping</name>
110      <label>Reporter ID</label>
111      <class>java.lang.String</class>
112      <value>\ProbeUID\</value>
113    </parameter>
114    <parameter>
115      <name>propertyMapping.gIsBGNonUnifOL</name>
116      <label>G bg non-uniform outlier</label>
117      <class />
118      <value />
119    </parameter>
120    <parameter>
121      <name>propertyMapping.gIsFeatNonUnifOL</name>
122      <label>G non-uniform outlier</label>
123      <class />
124      <value />
125    </parameter>
126    <parameter>
127      <name>rowColumnMapping</name>
128      <label>Row</label>
129      <class>java.lang.String</class>
130      <value>\Row\</value>
131    </parameter>
132    <parameter>
133      <name>propertyMapping.rNumPixOLLo</name>
134      <label>R low outlier pixels</label>
135      <class>java.lang.String</class>
136      <value>\rNumPixOLLo\</value>
137    </parameter>
138    <parameter>
139      <name>propertyMapping.gSurrogateUsed</name>
140      <label>G surrogate used</label>
141      <class>java.lang.String</class>
142      <value>\gSurrogateUsed\</value>
143    </parameter>
144    <parameter>
145      <name>dataHeaderRegexp</name>
146      <label>Data header</label>
147      <class>java.lang.String</class>
148      <value>\QFEATURES FeatureNum  Row Col accessions  ProbeUID  ControlType ProbeName GeneName  SystematicName  Description PositionX PositionY LogRatio  LogRatioError PValueLogRatio  gSurrogateUsed  rSurrogateUsed  gIsFound  rIsFound  gProcessedSignal  rProcessedSignal  gProcessedSigError  rProcessedSigError  gNumPixOLHi rNumPixOLHi gNumPixOLLo rNumPixOLLo gNumPix rNumPix gMeanSignal rMeanSignal gMedianSignal rMedianSignal gPixSDev  rPixSDev  gBGNumPix rBGNumPix gBGMeanSignal rBGMeanSignal gBGMedianSignal rBGMedianSignal gBGPixSDev  rBGPixSDev  gNumSatPix  rNumSatPix  gIsSaturated  rIsSaturated  PixCorrelation  BGPixCorrelation  gIsFeatNonUnifOL  rIsFeatNonUnifOL  gIsBGNonUnifOL  rIsBGNonUnifOL  gIsFeatPopnOL rIsFeatPopnOL gIsBGPopnOL rIsBGPopnOL IsManualFlag  gBGSubSignal  rBGSubSignal  gBGSubSigError  rBGSubSigError  BGSubSigCorrelation gIsPosAndSignif rIsPosAndSignif gPValFeatEqBG rPValFeatEqBG gNumBGUsed  rNumBGUsed  gIsWellAboveBG  rIsWellAboveBG  gBGUsed rBGUsed gBGSDUsed rBGSDUsed IsNormalization gDyeNormSignal  rDyeNormSignal  gDyeNormError rDyeNormError DyeNormCorrelation  ErrorModel  xDev  gSpatialDetrendIsInFilteredSet  rSpatialDetrendIsInFilteredSet  gSpatialDetrendSurfaceValue rSpatialDetrendSurfaceValue\E</value>
149    </parameter>
150    <parameter>
151      <name>propertyMapping.rBGNumPix</name>
152      <label>R background pixels</label>
153      <class />
154      <value />
155    </parameter>
156    <parameter>
157      <name>propertyMapping.rSurrogateUsed</name>
158      <label>R surrogate used</label>
159      <class>java.lang.String</class>
160      <value>\rSurrogateUsed\</value>
161    </parameter>
162    <parameter>
163      <name>columnColumnMapping</name>
164      <label>Column</label>
165      <class>java.lang.String</class>
166      <value>\Col\</value>
167    </parameter>
168    <parameter>
169      <name>propertyMapping.gIsFound</name>
170      <label>G is found</label>
171      <class>java.lang.String</class>
172      <value>\gIsFound\</value>
173    </parameter>
174    <parameter>
175      <name>metaGridXColumnMapping</name>
176      <label>MetaGridX</label>
177      <class />
178      <value />
179    </parameter>
180    <parameter>
181      <name>propertyMapping.gNumPix</name>
182      <label>G pixels</label>
183      <class>java.lang.String</class>
184      <value>\gNumPix\</value>
185    </parameter>
186    <parameter>
187      <name>propertyMapping.gIsWellAboveBG</name>
188      <label>G well above bg</label>
189      <class />
190      <value />
191    </parameter>
192    <parameter>
193      <name>propertyMapping.gSpatialDetrendSurfaceValue</name>
194      <label>G surface value</label>
195      <class />
196      <value />
197    </parameter>
198    <parameter>
199      <name>metaGridYColumnMapping</name>
200      <label>MetaGridY</label>
201      <class />
202      <value />
203    </parameter>
204    <parameter>
205      <name>propertyMapping.gBGMedianSignal</name>
206      <label>G median background</label>
207      <class />
208      <value />
209    </parameter>
210    <parameter>
211      <name>propertyMapping.rIsBGPopnOL</name>
212      <label>R bg population outlier</label>
213      <class />
214      <value />
215    </parameter>
216    <parameter>
217      <name>rawDataType</name>
218      <label>Raw data type</label>
219      <class>java.lang.String</class>
220      <value>agilent</value>
221    </parameter>
222    <parameter>
223      <name>dataFooterRegexp</name>
224      <label>Data footer</label>
225      <class />
226      <value />
227    </parameter>
228    <parameter>
229      <name>propertyMapping.rNumPix</name>
230      <label>R pixels</label>
231      <class>java.lang.String</class>
232      <value>\rNumPix\</value>
233    </parameter>
234    <parameter>
235      <name>propertyMapping.gBGMeanSignal</name>
236      <label>G mean background</label>
237      <class />
238      <value />
239    </parameter>
240    <parameter>
241      <name>propertyMapping.gMedianSignal</name>
242      <label>G median signal</label>
243      <class>java.lang.String</class>
244      <value>\gMedianSignal\</value>
245    </parameter>
246    <parameter>
247      <name>blockColumnMapping</name>
248      <label>Block</label>
249      <class>java.lang.String</class>
250      <value>\FeatureNum\</value>
251    </parameter>
252    <parameter>
253      <name>propertyMapping.rBGMeanSignal</name>
254      <label>R mean background</label>
255      <class />
256      <value />
257    </parameter>
258    <parameter>
259      <name>yColumnMapping</name>
260      <label>Y</label>
261      <class>java.lang.String</class>
262      <value>\PositionY\</value>
263    </parameter>
264    <parameter>
265      <name>propertyMapping.LogRatio</name>
266      <label>Log ratio</label>
267      <class>java.lang.String</class>
268      <value>\LogRatio\</value>
269    </parameter>
270    <parameter>
271      <name>propertyMapping.rIsFeatPopnOL</name>
272      <label>R population outlier</label>
273      <class />
274      <value />
275    </parameter>
276    <parameter>
277      <name>maxDataColumns</name>
278      <label>Max data columns</label>
279      <class />
280      <value />
281    </parameter>
282    <parameter>
283      <name>propertyMapping.gNumBGUsed</name>
284      <label>G background pixels</label>
285      <class />
286      <value />
287    </parameter>
288    <parameter>
289      <name>propertyMapping.gMeanSignal</name>
290      <label>G mean signal</label>
291      <class>java.lang.String</class>
292      <value>\gMeanSignal\</value>
293    </parameter>
294    <parameter>
295      <name>trimQuotes</name>
296      <label>Remove quotes</label>
297      <class>java.lang.Boolean</class>
298      <value>true</value>
299    </parameter>
300    <parameter>
301      <name>propertyMapping.PValueLogRatio</name>
302      <label>P value log ratio</label>
303      <class>java.lang.String</class>
304      <value>\PValueLogRatio\</value>
305    </parameter>
306    <parameter>
307      <name>propertyMapping.rIsFeatNonUnifOL</name>
308      <label>R non-uniform outlier</label>
309      <class />
310      <value />
311    </parameter>
312    <parameter>
313      <name>propertyMapping.rNumPixOLHi</name>
314      <label>R high outlier pixels</label>
315      <class>java.lang.String</class>
316      <value>\rNumPixOLHi\</value>
317    </parameter>
318    <parameter>
319      <name>propertyMapping.gBGUsed</name>
320      <label>G bg used</label>
321      <class />
322      <value />
323    </parameter>
324    <parameter>
325      <name>propertyMapping.gNumSatPix</name>
326      <label>G saturated pixels</label>
327      <class />
328      <value />
329    </parameter>
330    <parameter>
331      <name>propertyMapping.rIsWellAboveBG</name>
332      <label>R well above bg</label>
333      <class />
334      <value />
335    </parameter>
336    <parameter>
337      <name>propertyMapping.rProcessedSignal</name>
338      <label>R processed signal</label>
339      <class>java.lang.String</class>
340      <value>\rProcessedSignal\</value>
341    </parameter>
342    <parameter>
343      <name>propertyMapping.gBGNumPix</name>
344      <label>G background pixels</label>
345      <class />
346      <value />
347    </parameter>
348    <parameter>
349      <name>headerRegexp</name>
350      <label>Header</label>
351      <class />
352      <value />
353    </parameter>
354    <parameter>
355      <name>propertyMapping.gIsFeatPopnOL</name>
356      <label>G population outlier</label>
357      <class />
358      <value />
359    </parameter>
360    <parameter>
361      <name>propertyMapping.BGSubSigCorrelation</name>
362      <label>BG correlation</label>
363      <class />
364      <value />
365    </parameter>
366    <parameter>
367      <name>propertyMapping.gProcessedSignal</name>
368      <label>G processed signal</label>
369      <class>java.lang.String</class>
370      <value>\gProcessedSignal\</value>
371    </parameter>
372    <parameter>
373      <name>propertyMapping.gDyeNormSignal</name>
374      <label>G normalized signal</label>
375      <class />
376      <value />
377    </parameter>
378    <parameter>
379      <name>propertyMapping.rBGUsed</name>
380      <label>R bg used</label>
381      <class />
382      <value />
383    </parameter>
384    <parameter>
385      <name>propertyMapping.gIsBGPopnOL</name>
386      <label>G bg population outlier</label>
387      <class />
388      <value />
389    </parameter>
390    <parameter>
391      <name>dataSplitterRegexp</name>
392      <label>Data splitter</label>
393      <class>java.lang.String</class>
394      <value>\t</value>
395    </parameter>
396    <parameter>
397      <name>propertyMapping.rBGSubSignal</name>
398      <label>R net signal</label>
399      <class />
400      <value />
401    </parameter>
402    <parameter>
403      <name>propertyMapping.PixCorrelation</name>
404      <label>Pix correlation</label>
405      <class />
406      <value />
407    </parameter>
408    <parameter>
409      <name>propertyMapping.rIsFound</name>
410      <label>R is found</label>
411      <class>java.lang.String</class>
412      <value>\rIsFound\</value>
413    </parameter>
414    <parameter>
415      <name>propertyMapping.rBGMedianSignal</name>
416      <label>R median background</label>
417      <class />
418      <value />
419    </parameter>
420    <parameter>
421      <name>propertyMapping.rNumBGUsed</name>
422      <label>R background pixels</label>
423      <class />
424      <value />
425    </parameter>
426    <parameter>
427      <name>xColumnMapping</name>
428      <label>X</label>
429      <class>java.lang.String</class>
430      <value>\PositionX\</value>
431    </parameter>
432    <parameter>
433      <name>minDataColumns</name>
434      <label>Min data columns</label>
435      <class />
436      <value />
437    </parameter>
438    <parameter>
439      <name>ignoreRegexp</name>
440      <label>Ignore</label>
441      <class />
442      <value />
443    </parameter>
444    <parameter>
445      <name>propertyMapping.rIsBGNonUnifOL</name>
446      <label>R bg non-uniform outlier</label>
447      <class />
448      <value />
449    </parameter>
450    <parameter>
451      <name>propertyMapping.rMeanSignal</name>
452      <label>R mean signal</label>
453      <class>java.lang.String</class>
454      <value>\rMeanSignal\</value>
455    </parameter>
456    <parameter>
457      <name>propertyMapping.rSpatialDetrendSurfaceValue</name>
458      <label>R surface value</label>
459      <class />
460      <value />
461    </parameter>
462    <parameter>
463      <name>propertyMapping.rDyeNormSignal</name>
464      <label>R normalized signal</label>
465      <class />
466      <value />
467    </parameter>
468    <parameter>
469      <name>propertyMapping.xDev</name>
470      <label>X dev</label>
471      <class />
472      <value />
473    </parameter>
474    <parameter>
475      <name>propertyMapping.gSpatialDetrendIsInFilteredSet</name>
476      <label>G spatial trend</label>
477      <class />
478      <value />
479    </parameter>
480  </configuration>
481  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.ReporterFlatFileImporter">
482    <configname>Reporters from Agilent raw data</configname>
483    <description />
484    <parameter>
485      <name>maxDataColumns</name>
486      <label>Max data columns</label>
487      <class />
488      <value />
489    </parameter>
490    <parameter>
491      <name>extendedColumnMapping.locusLink</name>
492      <label>LocusLink</label>
493      <class />
494      <value />
495    </parameter>
496    <parameter>
497      <name>trimQuotes</name>
498      <label>Remove quotes</label>
499      <class>java.lang.Boolean</class>
500      <value>true</value>
501    </parameter>
502    <parameter>
503      <name>scoreColumnMapping</name>
504      <label>Score</label>
505      <class />
506      <value />
507    </parameter>
508    <parameter>
509      <name>nameColumnMapping</name>
510      <label>Name</label>
511      <class>java.lang.String</class>
512      <value>\ProbeName\</value>
513    </parameter>
514    <parameter>
515      <name>extendedColumnMapping.markers</name>
516      <label>Markers</label>
517      <class />
518      <value />
519    </parameter>
520    <parameter>
521      <name>extendedColumnMapping.vector</name>
522      <label>Vector</label>
523      <class />
524      <value />
525    </parameter>
526    <parameter>
527      <name>extendedColumnMapping.nid</name>
528      <label>NID</label>
529      <class />
530      <value />
531    </parameter>
532    <parameter>
533      <name>descriptionColumnMapping</name>
534      <label>Description</label>
535      <class>java.lang.String</class>
536      <value>\Description\</value>
537    </parameter>
538    <parameter>
539      <name>symbolColumnMapping</name>
540      <label>Gene symbol</label>
541      <class />
542      <value />
543    </parameter>
544    <parameter>
545      <name>reporterIdColumnMapping</name>
546      <label>Reporter ID</label>
547      <class>java.lang.String</class>
548      <value>\ProbeUID\</value>
549    </parameter>
550    <parameter>
551      <name>headerRegexp</name>
552      <label>Header</label>
553      <class />
554      <value />
555    </parameter>
556    <parameter>
557      <name>extendedColumnMapping.antibiotics</name>
558      <label>Antibiotics</label>
559      <class />
560      <value />
561    </parameter>
562    <parameter>
563      <name>extendedColumnMapping.omim</name>
564      <label>OMIM</label>
565      <class />
566      <value />
567    </parameter>
568    <parameter>
569      <name>extendedColumnMapping.chromosome</name>
570      <label>Chromosome</label>
571      <class />
572      <value />
573    </parameter>
574    <parameter>
575      <name>reporterType</name>
576      <label>Reporter type</label>
577      <class />
578      <value />
579    </parameter>
580    <parameter>
581      <name>dataHeaderRegexp</name>
582      <label>Data header</label>
583      <class>java.lang.String</class>
584      <value>\QFEATURES FeatureNum  Row Col accessions  ProbeUID  ControlType ProbeName GeneName  SystematicName  Description PositionX PositionY LogRatio  LogRatioError PValueLogRatio  gSurrogateUsed  rSurrogateUsed  gIsFound  rIsFound  gProcessedSignal  rProcessedSignal  gProcessedSigError  rProcessedSigError  gNumPixOLHi rNumPixOLHi gNumPixOLLo rNumPixOLLo gNumPix rNumPix gMeanSignal rMeanSignal gMedianSignal rMedianSignal gPixSDev  rPixSDev  gBGNumPix rBGNumPix gBGMeanSignal rBGMeanSignal gBGMedianSignal rBGMedianSignal gBGPixSDev  rBGPixSDev  gNumSatPix  rNumSatPix  gIsSaturated  rIsSaturated  PixCorrelation  BGPixCorrelation  gIsFeatNonUnifOL  rIsFeatNonUnifOL  gIsBGNonUnifOL  rIsBGNonUnifOL  gIsFeatPopnOL rIsFeatPopnOL gIsBGPopnOL rIsBGPopnOL IsManualFlag  gBGSubSignal  rBGSubSignal  gBGSubSigError  rBGSubSigError  BGSubSigCorrelation gIsPosAndSignif rIsPosAndSignif gPValFeatEqBG rPValFeatEqBG gNumBGUsed  rNumBGUsed  gIsWellAboveBG  rIsWellAboveBG  gBGUsed rBGUsed gBGSDUsed rBGSDUsed IsNormalization gDyeNormSignal  rDyeNormSignal  gDyeNormError rDyeNormError DyeNormCorrelation  ErrorModel  xDev  gSpatialDetrendIsInFilteredSet  rSpatialDetrendIsInFilteredSet  gSpatialDetrendSurfaceValue rSpatialDetrendSurfaceValue\E</value>
585    </parameter>
586    <parameter>
587      <name>dataSplitterRegexp</name>
588      <label>Data splitter</label>
589      <class>java.lang.String</class>
590      <value>\t</value>
591    </parameter>
592    <parameter>
593      <name>extendedColumnMapping.length</name>
594      <label>Length</label>
595      <class />
596      <value />
597    </parameter>
598    <parameter>
599      <name>extendedColumnMapping.tissue</name>
600      <label>Tissue</label>
601      <class />
602      <value />
603    </parameter>
604    <parameter>
605      <name>extendedColumnMapping.accession</name>
606      <label>Accession</label>
607      <class />
608      <value />
609    </parameter>
610    <parameter>
611      <name>minDataColumns</name>
612      <label>Min data columns</label>
613      <class />
614      <value />
615    </parameter>
616    <parameter>
617      <name>ignoreRegexp</name>
618      <label>Ignore</label>
619      <class />
620      <value />
621    </parameter>
622    <parameter>
623      <name>extendedColumnMapping.library</name>
624      <label>Library</label>
625      <class />
626      <value />
627    </parameter>
628    <parameter>
629      <name>reporterTypeColumnMapping</name>
630      <label>Reporter type</label>
631      <class />
632      <value />
633    </parameter>
634    <parameter>
635      <name>extendedColumnMapping.clusterId</name>
636      <label>Cluster ID</label>
637      <class />
638      <value />
639    </parameter>
640    <parameter>
641      <name>dataFooterRegexp</name>
642      <label>Data footer</label>
643      <class />
644      <value />
645    </parameter>
646    <parameter>
647      <name>extendedColumnMapping.species</name>
648      <label>Species</label>
649      <class />
650      <value />
651    </parameter>
652    <parameter>
653      <name>extendedColumnMapping.sequence</name>
654      <label>Sequence</label>
655      <class />
656      <value />
657    </parameter>
658    <parameter>
659      <name>extendedColumnMapping.cytoband</name>
660      <label>Cytoband</label>
661      <class />
662      <value />
663    </parameter>
664  </configuration>
665</configfile>